Wybudowany w I poł. XIV w. (pierwsza wzmianka pochodzi z 1335 roku) na szczycie górującego nad miastem wzgórza Żalnik w miejscu dawnego cmentarza (żalnik dawniej - cmentarz) i miejsca pogańskiego kultu, co było typową praktyką chrześcijańską-
stawianie obiektów sakralnych na zgliszczach świątyń, lub miejsc kultu dawnych słowian. Początkowo pełnij funkcję kaplicy cmentarnej i szpitala, nad którym opiekę sprawował wikariusz katedralny.

Później stał się filiałem parafii kamieńskiej dla
ludności zamieszkującej przedmieścia miasta rybaków, żeglarzy, chłopów i Słowian (św. Mikołaj jest patronem właśnie rybaków, żeglarzy,kupców, więc może to oni byli fundatorami kościoła?). Bo należy pamiętać, że nabożeństwa w katedrze zarezerwowane były tylko dla klas wyższych- szlachty pomorskiej i mieszczan.

Od XVI w. odbywały się tu (w związku z sekularyzacją biskupstwa i powstaniem tu biskupstwa luterańskiego) nabożeństwa luterańskie, a w XVII w. rozbudowując kościół dodano wieżę, kruchtę i zakrystię.
Kościół został w 1960 r. zaadoptowany na muzeum i wtedy to zaginęła większa część jego bezcennego wystroju.
W 1994 roku świątynię przywrócono do kultu jako rzymskokatolicki kościół filialny parafii katedralnej.
Odrestaurowany w ubiegłym roku kościół św. Mikołaja i jego malownicze otoczenie, zapisujemy na liście miejsc świadczących o wyjątkowości Kamienia Pomorskiego.

(BOR)