Możliwe, że z braku obecności odpowiedniego warsztatu, lub po prostu ze względów finansowych zdecydowano się na wykorzystanie lokalnego, polodowcowego materiału. Tutaj po raz pierwszy spotkamy się ze wznoszeniem katedry z tańszego surowca. W porównaniu z prezbiterium, granitowe ramię transeptu prezentuje się licho. Ociosane kamienie, jak to ujął pan Szczęsny: ''ułożone w miarę możliwości w warstwy'' tworzyły zewnętrzne i wewnętrzne lico muru. Przestrzeń między tymi dwoma warstwami została wypełniona mniejszymi kamiennymi odłupkami i zaprawą. Taki mur, dużo słabszy konstrukcyjnie i wizerunkowo być może skłonił kapitułę do zaniechania prac. W końcu, przy chórze (prezbiterium) wyglądał, tanio.
Wydaje się, że wprowadzenie granitu jako materiału nie wpłynęło na zmianę koncepcji bryły katedry. Możliwe, że spokojnie czekano, aż na Pomorzu zjawią się odpowiedni specjaliści. Budowanie w kamieniu nie było tyle trudniejsze, co bardziej pracochłonne. W średniowieczu, głównie ze względów ekonomicznych cegła i kamień często występowały razem. Zresztą niejednokrotnie nie były to świeże bloki, lecz zwyczajne materiały ze wcześniejszych budowli. Miało się to odwoływać się to do komentarza św. Hieronima do proroctwa Izajasza: „na fundamencie historii kościół duchowy się wznosi”. Sam kamień, jako materiał miał być uznawany za symbol trwałości i wieczności, znaczenie to nie straciło na aktualności.
Dzięki fragmentarycznym badaniom katedry wiemy, że transept był wznoszony z kamienia równomiernie po stronie północnej i południowej. Po obu stronach znajdowały się granitowe portale, do dzisiaj zachował się tylko jeden – północny. Zapewne strona południowa musiała ustąpić przebudowom, w końcu to tamtej stronie miała znajdować się siedziba biskupa (odnaleziono kamienne fundamenty tej części podczas prac konserwacyjnych pod nadzorem księdza Romana Kostynowicza).
Rozpoczęcie budowy z prestiżowego materiału (cegły) i kontynuowaniu jej z użyciem tańszego materiału (granitu) może również symbolizować nawiązanie do innych kościołów pomorskich. W ten sposób katedra miała stać się matką dla wielu innych świątyń w naszym regionie, wznoszonych z mniej prestiżowego materiału.
Północna część transeptu, tak na dobrą sprawę sięga bardziej ku romanizmowi. Ciężkie toporne ściany, z prostym równie topornym portalem w opozycji do strzelistego gotyku. Mimo swej prostoty, portal nadal reprezentuje przyjemną dla oka formę.